1964년 뉴사우스웨일스 주정부에 의해 설립되었다. 시드니에서 시드니 대학과 뉴사우스웨일스 대학에 이어 세 번째로 오래되었다. 1967년 문을 열었다. 교명은 영국 출신의 육군 장교로 뉴사우스웨일스 주의 주지사를 역임한 라클런 매쿼리(Lachlan Macquarie)의 이름에서 따온 것이다.

1970~1980년대 학생 및 강좌 수를 늘리고 부지를 개발하는 등 빠르게 성장했다. 2009년 새로운 학생회 MURSA(Macquarie University Students Association)가 발족했으며, 2010년 새로운 교과과정을 도입하고 교양과목 강좌를 늘렸다. 매쿼리 대학은 연구 중심의 명문 공립대학교로 오스트레일리아 상위 10위권 대학에 포함된다.

현재 학예학부, 상경학부, 이학부, 인간과학부의 4개 학부와 대학원으로 구성되어 있다. 35개 학과가 있으며, 90개 분야에서 학사학위를 수여하고 120개 분야에서 석사 및 박사학위를 수여한다. 언어학, 경영학, 회계학, 인문학, 사회과학 분야의 명성이 높다. 오스트레일리아에서 권위 있는 사전으로 인정받는 매쿼리 사전을 개발했으며 영어교수법, 통번역 분야를 선도하고 있다.

매쿼리 대학은 시드니에서 네 번째로 규모가 크며 교육기관, 연구소 등 여러 기관에 연계되어 있다. 연계기관으로 매쿼리 경영대학원(MGSM), 오스트레일리아 단백질분석연구시설(APAF), 인간인지·뇌과학연구소, 매쿼리 연구단지, 매쿼리 대학병원 등이 있다. 2011년 영국의 대학평가기관인 QS(Quacquarelli Symonds)가 발표한 세계 대학 순위에서 211위를 차지했다. QS는 연구, 교육, 졸업생, 국제화의 4개 부문을 주요 지표로 세계 대학을 평가한다.

부속기관 및 시설로 도서관, 박물관, 스포츠센터, 예배당, 보건소, 출판부 등이 있다. 부설연구소로 영어교육·연구센터, 기후영향연구센터, 식물다양성·생명자원연구센터 등이 있다. 제1캠퍼스인 노스라이드 캠퍼스는 시드니 업무중심지구(CBD)에서 북서쪽으로 16킬로미터 떨어진 매쿼리파크에 있으며, 면적은 1.26㎢이다. 그밖에 시드니 도심과 맨리, 홍콩에 캠퍼스가 있다.